被誉为世界上第二大传统医学的藏医药学时我国医学宝库中一颗璀璨的明珠，距今已有近4000年的历史，是藏族人民通过长期的实践，不断积累完善而形成的具有完整理论体系、独特治疗方法和浓郁民族特色的医药学体系。在昌都，最出名的莫过于昌都般龙（日通）藏医及丁青苯教藏医。
  昌都般龙藏医药：传说公元749年前，莲花生祖师和他的弟子来到日通地方的雕鹏岩洞，对当地的植物、矿物、草药等进行了研究，并写成秘诀药书，制成药丸藏于雕鹏岩洞，留给后人用。这不是只是传说而已，在《莲花大师传》和《历代藏区名人名医》也有文字记载。1711年至1714年，  康珠活佛根嘎登增来到了雕鹏岩洞神山，挖取药刃和秘诀药书并转述为文字，留传给木龙仓医师白玛扎西。距今300多年前，在日通地方有一户称般龙仓，现在还可见般龙蓝色城堡遗址，因其在墙头盖有蓝色琉璃瓦，故称蓝色城堡。白玛扎西便是出生在这户人家，是历史上有名的藏医祖师，他  培养藏医人才，继承、发展了前人的藏医药理论和实践成果。从白玛扎西(1681一一1756年)到现在的章松已经传了八代人，历史上称为般龙藏医药传代，般龙藏医形成的地域处在澜沧江流域，后人也称澜沧江流域藏医药。白玛扎西留传给般龙藏医本敏、扎才、王加、索曲、德勒、色维嘉、章 松等，代代相传下来。 般龙藏医药经过伏藏传、教传、耳传等三传方式代代秘传，迄今已有1300多年的历史，已形成自己独特的理论体系和诊疗风格，积累了数百种祖传秘方，在研制珍贵藏药和药浴治疗、热练水银和冷练水银等方面具有独特的技术。在解放后，特别是改革开放后，给澜沧江流域特色藏医药的发展带来了无限的发展生机。目前，已形成医疗、藏药研制、藏医培训、藏草药种植、藏药的科学研究等为一体的藏医药综合发展体系。
 
 丁青苯教藏医：苯教医术按照传统教历称有一万八千年的历史，而目前学术界较公认的事3800年之说，最早的苯教医典《崩西医学》即是苯教的祖师辛饶米沃所创，并传给其子介布赤西而流传于世，至第一代藏王聂赤赞普时从象雄国迎请的辛诺瓦董京等诸师的到来使苯教医术大量传播，当时的“苯教十二智者”中就有专司医药医术的一位大师，明教孜拉嘎玛跃德。（公元七世纪第三十三代藏王松赞干布统一青藏高原，与中原李唐王朝和尼泊尔联姻之后，藏区各地医学得到空前发展和交流，辈出医学人才和著作。）吐蕃王朝灭掉象雄国后，一支象雄贵族后裔逃难到琼波地区，即今天的昌都地区丁青一带，已融合各地医学但仍有古老原始文化痕迹的苯教医术也同时得到了保存和流传。