多样的宗教文化是昌都地区典型的文化现象。昌都地区的宗教文化类型有原始宗教本教，藏传佛教，伊斯兰教和天主教。在藏传佛教内部，存在不同教派，诸如宁玛派、噶举派、萨迦派、格鲁派等。

与多样化的宗教文化相对应的是众多的寺院和具有强烈神秘色彩的寺院文化。民主改革以前，昌都地区共有藏传佛教寺院703座，其中格鲁派寺院322座，宁玛派寺院212座，噶举派寺院117座，萨迦派寺院52座。孜珠寺是昌都地区最大的本教寺院，保留着许多许多古老的宗教和文化习俗。强巴林寺是格鲁派在昌都地区最大的寺院；噶玛寺是噶玛噶举派的祖寺，该派的黑帽系高僧最早采取活佛转世来解决其寺院住持的继承问题，开启了活佛转世的先河。类乌齐寺是今存不多的达拢噶举派的寺院。位于卡若区城的清真寺和芒康县盐井地方的天主堂，是外来宗教对昌都宗教文化的影响的具体表现。

宗教节日是寺庙文化的重要表现形式，包括正月一日到十五日的酥油花灯节。藏历四月十五日纪念释迦牟尼而举行的“萨噶达瓦节“、七月三日至十五日“央勒节”（夏令安居节）、九月二十二日的“拉白节”（降神节）、十月二十五日的“燃灯节”（纪念宗喀巴大师圆寂日）、十二月二十七至二十九日的“古庆节”（跳护法神舞）。