公元１０世纪至１３世纪，西藏各地的世俗封建头领分别与再度复兴的众多佛教各教派结合在一起，割据一方，不相统属，长期争战。西藏人民虽有结束战乱、实现统一的迫切愿望，但西藏各地政教势力无力统一西藏。就在这时，元朝顺应历史的发展趋势，统一了西藏，实现了包括西藏在内的中国大统一。
　　公元１３世纪初，北方草原上兴起的蒙古族在成吉思汗的领导下，灭金伐夏，甘、青、川一带的藏族头人先后归顺。１２３９年，多达那波的蒙古军队经过朵甘思。１２４６年，萨迦·贡噶坚赞携其侄子八思巴和恰那多吉，奉召前往凉州与阔端商谈西藏归顺的条件。不久，萨班受命向西藏各地的首领写了一封公开信。表明西藏归顺蒙古的必要性，并劝说卫藏各地僧俗势力接受归顺蒙古的条件。他的倡议受到了西藏各地僧俗首领的积极响应，“无不欢欣鼓舞”，表示愿意归顺。从此，西藏正式成为中国的一个行政区域。
　　一、元朝在昌都地区的建制
　　公元１２６０年（元世祖元年），忽必烈即大汗位，尊八思巴为国师。公元１２６４年，在中央设置总制院（后改为宣政院），统一管理全国佛教事务和藏族地区的政教事务。为了更有效地控制藏区，在宣政院下，设立三个宣慰使司都元帅府统领全藏区的军政事务。其中“吐蕃等路宣慰使司都元帅府”，简称“朵甘思宣慰司”，具体负责现今西藏昌都地区、四川省阿坝州和甘孜州等藏区军政事务。
　　据西藏自治区历史档案馆新近编纂的《西藏历史档案荟萃》中收录的一份圣旨记载：“向朵甘思宣慰司官员们、军官们、士兵们、百姓的达鲁花赤们和官员们、来往使臣们、琼布的官员们……宣谕：向朵甘思类乌齐的和尚们颁发了所持的圣旨……”。从中不难看出昌都类乌齐及其毗邻的琼布丁青一带均属于“朵甘思宣慰司”的管辖范围。
　　根据《元史》记载：吐蕃等路宣慰使司都元帅府，设有宣慰使四员，同知二员，副使一员，经历、都事各二员。当时吐蕃等路宣慰司元帅府所管辖的地方机构有１７个，其中，在昌都芒康等地至少设置有两个机构：
　　１．刺马儿刚等处招讨使司，达鲁花赤一员，招讨使一员，经历一员。
　　２．亦思马儿甘万户，达鲁花赤一员，万户二员。
　　据有关学者考证，以上“刺马儿刚”的管辖范围包括了现今昌都地区的芒康县；有的学者认为以上“亦思马儿甘”指的就是现今昌都地区的芒康县境。“亦思马儿甘”即芒康县境。芒康（也称宁静）在“元世延＃间被蒙古人占领”而且芒康一带过去就有“索德觉结”，意为蒙古十八部之称。
　　藏文史料《汉藏史集》记载：元代在昌都贡觉县境内设有一名本钦。“朵甘思的馆觉（现今昌都地区贡觉县的另一译音）和朵思麻的临羌，每个却喀都有一名本钦”。而且这个本钦是按照皇帝与上师商议决定而任命的。如果联系《明史》中：“永乐五年三月丁卯、命馆觉头目南葛监藏、阿屑领占俱为朵甘行都指挥使司都指挥使”的记载来推理，元朝时“朵甘思宣慰司”的设置很有可能就在贡觉一带。
　　二、元朝的治藏方略及其对昌都的影响
　　忽必烈取得政权，定都于大都（今北京）后，始终把如何有效地管理藏族地区，作为他建国的重要组成部分。其治藏的基本方略正如史书所载：“世祖以其地广而险远，民犷而好斗，思有以困其俗而柔其人。”即通过扶植藏族当地的宗教领袖来帮助蒙古进行统治。这是自元太祖成吉思汗以来一贯采用的治藏政策。忽必烈同样运用尊崇帝师，设宣政院，诏封地方首领，派员清查户口，建立驿站，厘定赋税等一系列措施，有效地加强了对西藏地区的统治，进而密切了解藏族地区和祖国内地的关系，促进了西藏与祖国内地之间政治、经济、文化的交流。
　　元代，昌都一带处于各部落头人占地为王，各自为政，互不统辖的割据状况，而元朝扶植的萨迦教派势力，主要在卫藏等地，对昌都一带的影响不大。因此，元朝对昌都一带的治理方式，更多的是采用羁縻招抚的办法。元朝在卫、藏地区设１３个万户府，管理民政及军务。但昌都一带既没有包括在１３个万户内，也没能建立起１３个万户这样比较系统完整的行政管理体系。只是在个别地方或局部地区建立过千户、万户而已。说明元朝对昌都实行宽松的羁縻统治。
　　昌都一带虽然没有包括在卫藏１３个万户府的行政体制中，但是从藏文史料中得知：公元１２６４年左右，忽必烈把昌都一带作为三个却喀中“朵堆人区”的一部分，其管辖权封赐给了八思巴。而且在昌都芒康一带设立过被称作“亦思麻儿甘军民万户府”的机构，有印为证。又据藏文《冉让宗教源流》记载：萨迦派统治西藏时，有个出身于董氏家族的人叫新巴贝，曾在八思巴手下任过职，后来任命他为朵康的“谢本”（意为总管）。此人就是昌都沙贡“昂吉尺玛娃”董氏家族的人。此外，我们在贡觉和江达调查时，也了解到原贡觉辖区的青泥洞曾设立过万户长，其后裔至今仍称“扎那万户”。在贡觉的果普加娃迄今尚有称之为“千户”的户名。
　　综上所述，元朝对昌都的管理，虽然具有不同于卫藏的特点。但它作为在中央管理之下的全藏行政制度的一部分，是确定无疑的。