１３６８年（明洪武元年），朱元璋在南京称帝，年号洪武，建立了明朝。同年秋，明军北伐，攻克大都，元亡。明朝建立伊始，即着手加强对藏族地区的管理，废除元朝帝师制度，撤消宣政院，设立军民兼治的卫所机构，使西藏地方处于明朝统一管理之下。

@@明朝的治藏策略及在昌都的设置@@

　　一、明朝的治藏策略
　　明朝建国之时，就重视对全国藏区的治理，并采取“多封众建，尚用僧徒”，分而治之的统治政策，加强对全国藏区的控制。１３６９年（明洪武二年），为招抚藏族土司头人和寺院宗教上层人物，明王朝首先派遣陕西行省员外郎许允德到多康、卫藏各地联络各方头人，通报中原易主，招抚藏区各地僧俗势力：“朕乃命将率师悉平海内，臣民拥戴为天下主，国号大明，建元洪武。示我前王之道，用康黎庶。惟尔吐蕃邦居西土，今中国一统，恐尚未闻，故兹诏示使者至吐蕃。”此人在藏长达五年之久，为加强明中央王朝与昌都等地区藏族领袖人物之间的密切联系作出了应有的联系。
　　１３７１年（明洪武四年），以河州卫言，封噶举派帕木竹巴系高僧章阳沙加监藏（１３４０～１３７３年）为“灌顶国师”，使抚谕朵甘之地。１３７３年（明洪武六年），故元摄帝师喃加巴藏卜等宗教首领到南京，明朝改封他为“炽盛佛宝国师，给赐玉印”。
　　１３７４年（明洪武七年），明朝在河州设置西安行都指挥使司，下辖河州、乌思藏和朵甘三卫。同年，升朵甘、乌思藏二卫为行都指挥使司，以朵甘卫指挥同知锁南兀郎尔，管招兀郎儿为都指挥同知。
　　明朝在西藏地方的行政管理是通过两个系统来施行的。一是推行行都武卫制度，以行使地方行政管理的职能。二是册封王、法王等宗教首领，维护其已有的权势和地位，在明王朝的统辖之下，分别管理所属区域内的事务。推行行都武卫制度是为了与全国行政管理体制相衔接，封授王和法王则是充分考虑了西藏政教合一的特殊性而采取的一个策略。“至于西藏内部，在明室既以安抚为主，故利其势分，而尚用僧徒。其势既分，则皆直统于中央；尚用僧徒，则易于抚慰；又优予贡市之利，以安抚之”。明朝对全藏区施行“多封众建，贡市羁縻”的策略。应该说，明朝的这个策略在藏区取得了很大成功。
　　在僧官系统的三大法王中，大宝法王封授最早、地位最高。大宝法王得新协巴为噶玛派黑帽系第五世噶玛巴活佛。１４０７年（明永乐五年），明朝授封他为“大宝法王”之后，分别封萨迦派高僧为“大乘法王”，格鲁派高僧为“大慈法王”。除三大法王外，又有赞善王、护教王在内的“五王”。明朝在西藏确定三大法王和五王时，充分考虑了西藏各教派实力大小和各地区代表性的人物，从而使明朝与西藏之间建立了更广泛的政治领属关系。为了进一步强调分封所包含的政治隶属关系，明朝又建立了一套与之配套的严格的朝贡制度。朝贡制度之实施，对于明朝统治者来说，保证西藏各受封的实力派首领按规定前来朝贡，既是维系分封的重要政治手段，也是实现明朝与西藏政治隶属关系的主要途径和标志。从后来的情况看来，朝贡制度的实施也是切合历史实情的。

　　二、明朝时在昌都的机构设置
　　为了管理全藏区，明朝在河州设西安行都指挥使司，下辖三卫：河州卫、朵甘卫、乌思藏卫。公元１３７３年（明洪武六年），元明所封帝师朗杰巴桑波被朱元璋封为“国师”之后，朗杰巴桑波向明朝朝廷推荐元朝在藏区的旧官员和地方头人第一批６０名，第二批５６人。其中包括昌都地区的头人。１３７４年（明洪武七年），朵甘和乌思藏卫升为朵甘卫指挥使司和乌思藏卫指挥使司。其下设有两个宣慰司、一个元帅府、四个招讨司、十三个万户府、四个千户所。指挥使司的官长有指挥使、指挥同知佥事，其下则为宣慰使、宣慰同知、宣慰副使、元帅、招讨、万户等。至于辖区而言，朵甘卫指挥使司的辖区与元代朵甘思宣慰司辖境大致相同。其辖境为今西藏昌都地区、甘、青及四川甘孜等藏区。同年，为了安置这批官员，又增置朵甘思宣慰司及招讨等司。１４０７年（明永乐五年），明成祖“命馆觉头目南葛监藏，阿屑领占俱为朵甘行都指挥使司都指挥使”，赏赐给南葛监藏的“朵甘卫行都指挥司印”，至今仍保存在拉萨罗布林卡文物部门。由此可见，昌都地区的贡觉头领直接参与了明朝在西藏的政权建设。朵甘卫指挥使司下辖：六个招讨司、四个万户府、十七个千户所。六个招讨司中的“磨儿勘”辖地在今西藏昌都地区的芒康县一带。四个万户府中“乃竹”万户府的治所在今西藏昌都地区贡觉县境。十七个千户所中的“纳竹”千户，在今西藏卡若区的拉多乡一带，即昔日拉多土司的辖境。明朝为了保证康藏驿站的畅通，于１４１５年（明永乐十三年），又增设了“上邛部卫，命头目掌巴伯为指挥使”。“邛部”即昌都地区丁青县的古称。
　　１４０６年（明永乐四年），明朝对藏族宗教领袖人物实行了“王”和“法王”的分封制。三大法王之首的“大宝法王”得新协巴，其祖寺噶玛寺在昌都境内，其主要势力在康区（包括昌都）。而“五王”之一的“护教王”，本身就是昌都地区贡觉一带的头领。这些被封的“王”和“法王”从此成为明代控制昌都以及康区最大的政教势力。至于明王朝之所以分封众多法王，实因明代藏区教派林立，未能出现元代萨迦派唯我独尊之格局，所以，明朝统治者从藏区实情考虑，分封众多法王，以宗教的力量来安定地方，强化国家的一统秩序。应该说，明朝就是通过在昌都设置以上的机构和授封僧俗头人来实施对昌都一带的统治。